Nejstarší nepochybná zmínka  o Slapech je z 10. srpna roku 1292. Český král Václav II. založil jeden z největších a nejbohatších klášterů - klášter Zbraslavský. V zakládací listině Václav II. vypočítával řadu vesnic, které se stávaly klášterním majetkem. Mezi jinými jsou to Slapy a Přestavlky. Obec tedy nutně musela existovat již před tímto datem.

Další zmínku najdeme v druhé fundační listině Václava II. z 21. května 1304, kde je opět napsáno které vesnice náležejí ke klášteru.
V roce 1308 byla vesnice vypleněna bavorskými žoldáky. Stalo se to ve složitém období našich dějin za vlády Jindřicha Korutanského, který nastoupil na trůn po zavraždění posledniho přemyslovského panovnika Václava III. v Olomouci. Ve Slapech byl tehdy opevněný dvůr s několika baštami , kam se uchýlilo několik mnichů v čele s Petrem Žitavským, autorem jedné z našich nejlepších středověkých kronik a pozdějším opatem kláštera. Obránci kapitulovali a vyplatili útočníkům značné výkupné.
Z doby o málo pozdější je první zmínka o dolování zlata v této oblasti. Jan Lucemburský postupuje užitky ze zlatých dolů Zbraslavskému klášteru. Za vlády tohoto panovníka  a jeho syna Karla IV. prožívá Zbraslavský klášter a s ním pochopitelně i Slapy období klidu a prosperity. Z této doby jsou první zmínky o Slapské faře.
Po čáslavském sněmu připadly Slapy karlštejnskému panství. V roce 1436 císař Zikmund připsal Slapy Jakubovi z Řitky a následující rok Jindřichovi z Kolovrat. Po husitských válkách Zbraslavský klášter statek vykoupil spolu s vesnicí a měl ho v držení až do roku 1785, kdy byl zrušen.
V létě roku 1595 postihl slapský statek velký požár. Důkaz je v dopisu opata Antonína Flamminga, kde prosí o odpuštění dávek.